離子色譜柱一般比常規液相色譜分析柱價格要貴很多，但如果正常使用，離子色譜柱也可以有很長的使用壽命，因此對離子色譜的維護和清洗十分重要。一般而言，沒有統一維護和清洗步驟，不同類型不同商家的離子色譜在說明書均有十分詳細的說明，用戶在使用前一定要注意仔細閱讀。
　　1.離子色譜柱的維護，其原則如下：
　　a.確保離子色譜柱不干燥;
　　b.確保離子色譜柱不長霉;
　　c.確保離子色譜柱不進入顆粒物;
　　d.確保離子色譜柱不進入不可逆吸附物，特別是有機污染物;
　　e.確保離子色譜在一定的流速、壓力條件運行;
　　2.離子色譜柱常見的問題如下：
　　a.柱壓升高，檢查流路沒有阻塞的前提下，更換色譜柱過濾網板，一般情況下更換保護柱進口端的網板。
　　b.分離度降低，可以是由于色譜柱的柱效降低或選擇改變所引起的，可以通過適合的清洗對離子色譜柱進行清洗，或者改變離子色譜的流動相來改善分離。
　　c.死體積增大，由于分離柱入口樹脂壓力使樹脂造成空隙或者樹脂壓碎而成，使離子色譜分離度下降、分叉等，這時可以填充相同類型的樹脂和惰球樹脂球以減少死體積。
　　而對于受污染的離子色譜柱，一般要進行清洗，清洗前一定要將色譜柱與抑制器斷開，保護柱和分離柱分開清洗，或者將保護柱接在分離柱之后進行清洗。
　　3.清洗的原則是：
　　a.用高濃度的淋洗液清洗強保留的污染物;
　　b.用有機酸如草酸、酒石酸、檸檬酸等清洗金屬污染物;
　　c.用有機溶劑兼容的大濃度清洗有機污染物;
　　d.清洗之后，必須用二次去離子水平衡，再用淋洗液平衡。
　　雖然對有機溶劑兼容的離子色譜柱，受污染后都可以用清洗后再生，但并不是所有的污染物都能夠通過清洗去除的，正確使用離子色譜柱和采用合適的樣品預處理手段是延長離子色譜柱壽命的好方法。